Ein durch Membranen abgegrenzter Reaktionsraum in der Zelle.

Als Kompartiment wird ein abgegrenzter Raum innerhalb einer Zelle bezeichnet, in dem bestimmte Reaktionen bzw. Prozesse unabhängig von anderen ablaufen können. Ein Beispiel ist der Zellkern. Dieser ist durch eine Membran von der Umgebung getrennt. Dies ermöglicht Reaktionen ohne eine unkontrollierte Beeinflussung von außen bzw. der restlichen Zelle.

Weitere Beispiele von Kompartimenten sind der Innenraum des Endoplasmatischen Retikulums (ER), die Matrix der Mitochondrien und bei Pflanzen und Grünalgen Vakuolen, das Stoma und die Thylakoidinnenräume der Chloroplasten. Ein Kompartiment ist in der Regel durch eine Biomembran von seiner Umgebung abgetrennt.

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